Книги Ездры и Неемии первоначально составляли единое целое; в еврейскую Библию разделение было введено только в 1448г. под влиянием христианства. Как одно целое, принадлежащее перу Ездры, они рассматриваются в Талмуде, Иосифом Флавием, Мелитоном епископом Сардийским. В LХХ обе вместе названы "Ездра Б", в отличие от апокрифа "Ездра А" (в православной Библии – “Вторая книга Ездры”). В христианской церкви постепенно стали различать две книги, о чём впервые сообщает Ориген (комм. на Пс.1). Так, например, блаженный Иероним не только признавал это деление , но и осуществил его в Вульгате, где “наша” книга Ездры носит название “1-я Ездры”, а книга Неемии – “2-я Ездры”. В современном богословии обе книги, как неразрывно взаимосвязанные, нередко рассматриваются совместно под общим названием "Ездра—Неемия" (сокращённо Е-Н).