Обсуждены результаты численных расчетов предсказания вторичной структуры белков на основе байесовских процедур распознавания на цепях Маркова.

Обговорено результати числових розрахунків передбачення вторинної структури білків на базі байєсівських процедур розпізнавання на нестаціонарних ланцюгах Маркова. Використано новий прийом, заснований на розпізнаванні пар станів для пар сусідніх амінокислот, який покращив точність передбачення у порівнянні з розпізнаванням стану однієї поточної амінокислоти.

Обсуждены результаты численных расчетов предсказания вторичной структуры белков на основании байесовских процедур распознавания на нестационарных цепях Маркова. Использован новый подход, основанный на распознавании троек состояний для троек соседних аминокислот (АК), который улучшил точность предсказания по сравнению с распознаванием состояний одной или двух текущих АК.

Исследовано поведение индуктивных процедур в зависимости от состава обучающей выборки (ОВ). Показано, что если в ОВ отсутствует информация о каком-либо классе объектов либо статистика относительно априорных вероятностей классов, то любая процедура работает непредсказуемо плохо и ее погрешность строго положительна. Дана оценка погрешности байесовской процедуры распознавания в зависимости от размеров ОВ и количества признаков. Доказана субоптимальность байесовского подхода, определена сложность класса задач.

Проведено аналіз геномних послідовностей 53-х еубактерій та архебактерій. На підставі одержаних статистичних даних зроблено висновок, що для цих геномів виконуються співвідношення комплементарності у записі основ по одній низці ДНК.

Наведено огляд сучасних методів передбачення просторової структури білків. Обговорено результати числових розрахунків передбачення вторинної структури білків на базі байєсівських процедур розпізнавання на нестаціонарних ланцюгах Маркова. Наведено комплементарні закономірності щодо запису генетичної інформації в геномах і білках.

Предложен метод моделирования коллективных процессов с помощью множества локально-взаимодействующих частиц, обладающих внутренней структурой. Рассмотрены частицы со структурой, определяющейся бинарным деревом. Предложенный метод реализован в виде библиотеки Java-классов.

Рассмотрено моделирование динамики систем, состоящих из локально взаимодействующих частиц. Предложены базовые локальные взаимодействия, позволяющие гибко моделировать некоторые классы процессов.

Для уточнения пространственной структуры цитохрома человека Р450 2Е1 использовались различные методы предсказания вторичной структуры. Проведен анализ результатов работы методов.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.111.1 в661.2

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж29144 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Обсужден метод моделирования внутриклеточных реакций, координируемых белками. Белки описаны с помощью локально взаимодействующих частиц, обладающих зарядами. Взаимодействия задаются алгоритмически, что позволяет исследовать процессы без учета физической природы белковой активности. На основе предложенного подхода создана компьютерная среда моделирования, с помощью которой в качестве примера исследовался процесс формирования гидрофобного ядра белковой глобулы в воде.

A new method of modeling of intracellular reactions that are coordinated by the proteins is discussed. Proteins are represented as locally-interacting particles that can carry charges. Interactions are defined algorithmically which allows studying processes regardless of physical nature of protein interactions. The proposed approach was implemented as computer modeling framework which was utilized for studying the process of protein hydrophobic core formation in water.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е50*440.45

Рубрики:

Загальна ботаніка

Шифр НБУВ: Ж22412/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

Предложен метод моделирования внутриклеточных процессов с помощью локально взаимодействующих частиц. Бинарные взаимодействия определяются алгоритмически, что позволяет исследовать реальные процессы без учета сложной природы взаимодействий.

На основе симметрии в ДНК построены оптимальные генетические коды, помехоустойчивость которых относительно полярности аминокислот при мутациях в нуклеотидах значительно выше, чем у стандартного кода. Исследована помехоустойчивость оптимальных симметричных и несимметричных генетических кодов. С учетом баз данных генетических заболеваний показано, что оптимальный код, для которого симметрия выполняется в половине случаев, сохраняет полярность аминокислот при мутациях первого и второго нуклеотидов в кодоне по сравнению со стандартным кодом.

Рассмотрены бернуллиевская и мультиномиальная варианты байесовской процедуры обучения и области их применения, а также их распределенная реализация на основе модели программирования MapReduce. Предложена распределенная категориальная байесовская процедура обучения, описана специфика ее распределенной реализации и область применения.

Для распознавания текстовой информации рассмотрены две версии байесовской оптимальной процедуры. Описаны распределенные реализации этих версий на основе MapReduce.