Мутанти людського лізоциму здатні утворювати фібрили, які пов'язані з етіологією системного або ниркового амілоїдозу. Проведено серію 100 не молекулярно-динамічних (МД) симуляцій дикого типу (WT) людського лізоциму та його семи амілоїдогенних мутантів (156T, D67H, F57I, W64R, Y54N, F57I/T70N і T70N/W112R) за температури 500 К. Молекулярно-динамічне моделювання було проведено за допомогою програмного пакету GROMACS (версія 5.1) в силовому полі CHARMM36m. Результати МД моделювання було проаналізовано в термінах параметрів, що характеризують як глобальну так і локальну структуру білка, таких як середньоквадратичне відхилення остову ланцюга, радіус інерції, площа поверхні, доступна для розчинника, середньоквадратичні флуктуації та вміст вторинної структури. Залежно від спостережуваних ефектів, досліджувані мутанти було умовно розподілено на 3 групи: мутанти з більшою (Y54N та F57I/T70N), подібною (D67H та I56T) та меншою (W64, F57I та T70N/W112R) швидкістю розгортання у порівнянні з WТ білком. Аналіз флуктуаційної поведінки білка показав, що у більшості мутантів <$Ebeta>-домену притаманні сильні флуктуації (за винятком W64R і F57I) та більша гнучкість C- і D-спіралей у порівнянні з нативним лізоцимом, за винятком W64R та Y54N, у яких виявлено помітне зниження (W64R) або зростання (Y54N) рухливості практично всіх залишків. Аналіз еволюції вторинної структури свідчить про більш високу стабільність <$Ealpha>-домену у порівнянні з <$Ebeta>-доменом. Одержані результати підтверджують думку про те, що глобальна структурна дестабілізація, викликана мутацією, не є єдиним фактором, який сприяє неправильному згортанню білків, а модифікація конформації та динаміки окремих областей поліпептидного ланцюга також можуть відігравати важливу роль у формуванні амілоїдних фібрил.

  Повний текст PDF - 733.88 Kb    Зміст випуску     Цитування публікації

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"