Розглянуто морфологічні ознаки одноклітинних зелених джгутикових водоростей, пов'язані з фотосинтетичним апаратом (числом, розмірами, положенням, формою пластид, структурою їх зовнішньої та внутрішньої поверхонь, ступенем перфорованості та розчленованості, забарвленням, наявністю/відсутністю піреноїдів, їх чисельністю, положенням, формою, структурою піреноїдного матрикса й асиміляційною обгорткою). Виявлено, що в розподілі різних варіантів указаних ознак спостерігаються численні паралелізми, як по горизонталі, так і по вертикалі філогенетичного дерева евкаріот, що істотно обмежує їх застосування в систематиці вищих таксонів. Залучення інших критеріїв для оцінки таксономічного значення цих ознак підтверджує їх низьку філогенетичну вагу. Вони здебільшого стабільно успадковуються й успішно застосовуються для діагностики видів і внутрішньовидових таксонів. Використання їх на вищих (надвидових) рівнях призводить до виникнення штучних гетерогенних таксонів, зручних у практичній роботі, але не заснованих на засадах спорідненості. Молекулярні дані підтверджують їх гетерогенність. Відсутність надійних ознак, які дозволяють діагностувати групи споріднених видів, що об'єднуються в клади на молекулярних дендрограмах, все ж свідчить про передчасність ревізії системи зелених джгутикових водоростей на підставі сьогоденних даних молекулярних біологів. Такій ревізії повинні передувати принаймні три етапи: з'ясування причин невідповідності фено- та генотипічних систем на нижчих таксономічних рівнях; розробка морфолого-молекулярного стандарту виду; виявлення діагностичних (фенотипічних) ознак, філетично скорельованих з генотипічними.