Проведено реконструкцію просторової структури повнорозмірного ГАМКB-рецептора. Для імітації реального мікросередовища ГАМКB-рецептор був вбудований у біліпідну мембрану з відповідним водно-сольовим мікрооточенням. Оскільки гомологічне моделювання ГАМКB-рецептора є важливим обчислювальним методом прогнозування просторових координат, коли експериментальні дані щодо структури не є доступними, автори реконструювали структуру повнорозмірного ГАМКB-рецептора з використанням ступінчастого гомологічного моделювання окремих частин субодиниць. Стабільність субодиниць рецептора оцінювали, розраховуючи молекулярну динаміку. Показано, що субодиниця модельованого ГАМКB-рецептора складається з позаклітинного, трансмембранного і внутрішньоклітинного доменів. Встановлено, що внутрішньоклітинні C-термінальні домени рецептора мають тенденцію до компактизації, а надспіралізовані ділянки утворюють структуру, майже ідентичну до тої, що зумовлена кристалізацією цих фрагментів. Проведена реконструкція просторової структури повнорозмірного рецептора ГАМКB є адекватною і такою, що може бути корисною для подальшого дослідження структурних механізмів взаємодії даного рецептора з агоністами і антагоністами ГАМК. Моделювання молекулярної динаміки може бути важливим інструментом вивчення деталей структури і динаміки рецептора.

  Повний текст PDF - 556.119 Kb    Зміст випуску     Цитування публікації

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"