Зважаючи на фрагментарність експериментальних даних і суперечливість уявлень щодо ролі первинних і вторинних структур РНК у активності субгеномих (сг) промоторів, метою роботи було виявлення і порівняння властивостей консервативних нуклеотидних мотивів і стеблових петель у сг промоторах двох генів 38-ми тобамовірусів. Геноми і сиквенси 17-ти штамів ВТМ та 21 штаму інших видів тобамовірусів було завантажено з Ген Банку (http://www.ncbi. nlm.nih.gov/). Пошук і порівняльний аналіз консервативних компонентів промоторів проводили за одержаними одноланцюговими розгортками 3-х стеблових петель і консенсусною послідовністю мотивів трьохкомпонентного нуклеотидного блоку (ТНБ), використовуючи вузькоспеціалізовані комп'ютерні програми. Встановлено, що всі 76 досліджених сг промоторів 2-х генів 38-ми тобамовірусів містять консервативні ТНБ, які виявляються в сиквенсах мінус-ланцюгів геномних РНК за консенсусною послідовністю SSSSSnnnnnCYAAGCWWWnnWWWWW, де SSSSS - GC-багатий мотив, nnnnn та nn-довільні (не консенсусні) нуклеотиди, CYAAGCWWW-центральний мотив, WWWWW - AU-багатий мотив, Y-нуклеотид C або U. Ідентичність консенсусній послідовності мотивів ТНБ штамів ВТМ становить 99,5 %, а мотивів ТНБ інших видів тобамовірусів - 88,3 %. Ідентичність нуклеотидів стеблових петель SL1, SL2 та SLcp відповідним петлям штаму BTM-U1 складає 74,4, 75,7 та 60,3 % відповідно. Всі 75 із 76-ти досліджених ТНБ у шостій позиції центрального мотиву містять нуклеотид C, геномні позиції якого відповідають стартовим точкам транскрипції (СТТ) сг РНК. СТТ обох генів всіх досліджених тобамовірусів локалізовані перед стартовими кодонами трансляції за винятком гена транспортного білка Вірусу кільцевої плямистості одонтоглосума. Досліджені авторами тобамовіруси чітко розподіляються на 4 групи за подібністю консервативних мотивів і замін нуклеотидів у субгеномних промоторах. Висновки: результати проведених досліджень суперечать припущенню щодо більш важливої ролі вторинних структур, а не первинних нуклеотидних послідовностей у функціональній активності сг промоторів тобамовірусів. Показана локалізація AU-багатих мотивів після стартових кодонів транскрипції сг РНК свідчить про можливість синтезу тобамовірусних РНК на двохланцюгових матрицях. Знайдені авторами групи штамів різних видів тобамовірусів з ідентичними нуклеотидними ділянками та однаковими замінами нуклеотидів доповнюють обмежений на сьогодні перелік прояву гомологічних рядів М. І. Вавилова на молекулярному рівні, а також узгоджуються з припущенням авторів щодо молекулярних механізмів утворення гомологічних рядів - можливістю фіксації лише тих нуклеотидних замін, які не порушують тонко збалансованого функціонування кількох генетичних кодів в одній клітині.

  Повний текст PDF - 548.574 Kb    Зміст випуску     Цитування публікації

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"