Компьютерный анализ геномов трех морских альговирусов

Степанова, О. А.; Бойко, А. Л.; Щербатенко, И. С.

Проанализированы геномные сиквенсы новых черноморских альговирусов: Tetraselmis viridis virus (штаммы TvV-S20, TvV-S-1) и Dunaliella viridis virus (штамм DvV-SI2). Выявлено как значительное сходство, так и существенные различия между исследуемыми штаммами и наиболее изученными морскими альговирусами семейства Phycodnaviridae. Полученные результаты позволяют считать, что исследованные штаммы являются новыми вирусами со следующими свойствами: только они были выделены из морских эукариотических микроводорослей T. viridis и D. viridis: кодирующие участки их геномов (CDSs) локализованы преимущественно на одной из цепей ДНК и образуют несколько кластеров с короткими межгенными промежутками: структура геномов разных вирусов, а также разных штаммов одного вируса значительно варьирует: геномные ДНК вирусов имеют высокое GC-содержание (55,5 - 67,4 %), их гены не содержат известных оптимальных контекстов стартовых кодонов трансляции, а также контекстов прочитывания терминальных кодонов: подавляющее большинство вирусных генов и белков не имеют аналогичных нуклеотидных или аминокислотных последовательностей в генетических банках.


	Наукова періодика України		Microbiological journal