Чтобы определить возможность применения филогенетических критериев для оценки ранга таксонов, рассчитывали внутри- и межвидовое, а также межродовое сходство у метанотрофов на основе сиквенсов генов 16S pPHK. Использовали сиквенсы генов 16S pPHK изученных облигатных метанотрофов, которые хранятся в UCM (Ukrainian Collection of Microorganisms), и типовых штаммов других видов метанотрофов из базы данных Генбанка (Genbank). Показано, что у различных семейств метанотрофов уровни межвидового и межродового сходства значительно различаются и, следовательно, могут быть использованы для дифференциации таксонов только в пределах одного семейства. Проведенный анализ показал, что необходимо пересмотреть таксономическое положение: двух фенотипически подобных видов Methylomonas (M. aurantiaca и M. fodinarum), сходство генов 16S рРНК которых составляет 99,4 %, сходство их тотальной ДНК - до 80 %, что свидетельствует скорее о штаммовых, но не о видовых отличиях; видов Methylomicrobium agile и M. album, которые филогенетически более близки роду Methylobacter (97 % сходства), чем Methylomicrobium (94 % сходства); родов сем. Beijerinckiaceae (Methylocella и Methylocapsa), а также родов сем. Methylocystaceae (Methylosinus и Methylocystis), высокий уровень сходства которых (97 % и выше) с другими метанотрофными родами (в пределах одного семейства) фактически соответствует диапазону сходства видов (внутри некоторых родов) в сем. Methylococcaceae.