Ширина Т. В.
Поиск генов микроРНК в участках генома вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori, комплементарных самым поздним генам / Т. В. Ширина, М. Т. Бобровская, Э. А. Козлов // Український біохімічний журнал. - 2011. - Т. 83, № 5. - С. 59-66. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/BioChem_2011_83_5_10
Отмечено, что вирусы ядерного полиэдроза (ВЯП) B. mori кодируют два очень поздних гена - ph и p10. Интерес к поиску генов miR в этих участках генома обусловлен тем, что полиэдры, образующиеся на очень поздней стадии инфекции, включают не только вирионы, но и малую РНК длиной 50 - 60 нуклеотидов. Цель сообщения состояла в поиске miRs в альтернативных транскриптах, синтезируемых не только с TAAG-промоторного элемента, но и с ТАТА-промоторных элементов, расположенных в участках генома ВЯП B. mori, включающих гены ph и p10. Поиск miRs осуществлен с помощью биоинформатических программ предсказания miR: MiPred, miRNA SVM, Micropocessor SVM и RNAfold. Предсказано, что участок, содержащий ген ph, может кодировать две miRs (bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) и один потенциальный (С) предшественник miR - bmoNPV-pre-miR-1Cph, не являющийся субстратом для фермента Dicer. Участок, содержащий ген p10, может кодировать одну предсказанную miR - bmoNPV-miR-3p10. Выводы: обсуждена возможность регуляции экспрессии предсказанными miRs генов orf 1629 и p74, расположенных в тех же участках комплементарной цепи.За допомогою біоінформативного методу шляхом аналізу вторинної структури альтернативних транскриптів показано, що ген ph вірусу ядерного поліедрозу Аutographa californica кодує дві зрілі мікроРНК і три потенційні мікроРНК. Комплементарний до гена ph ген orf1629 не кодує ні зрілі мікроРНК, ні потенційні мікроРНК. Ген р10 кодує зрілу мікроРНК і потенційну. Локалізований на комплементарному ланцюзі ген р74 кодує три зрілих мікроРНК.Проведен поиск генов микроРНК в участках генома вируса ядерного полиэдроза Bombyx mori, комплементарных самым поздним генам. Разработан алгоритм поиска in silico микроРНК в отдельно взятых участках генома бакуловирусов. Показано, что ген orf4 вируса ядерного полиэдроза Bombyx mori, комплементарный гену ph, кодирует потенциальную микроРНК. Ген р74, комплементарный гену р10, кодирует зрелую микроРНК и потенциальную микроРНК. Ген orf1629 кодирует две малые некодирующие РНК, комплементарные участкам мРНК полиэдрина в 5'-конце orf. На основании полученных результатов предполагается, что малые некодирующие РНК, комплементарные участкам мРНК полиэдрина, включаются в полиэдры.
Цитованість авторів публікації:Ширина Т.Бобровская М.
Козлов Э.
Бібліографічний опис для цитування: Ширина Т. В. Поиск генов микроРНК в участках генома вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori, комплементарных самым поздним генам / Т. В. Ширина, М. Т. Бобровская, Э. А. Козлов // Український біохімічний журнал. - 2011. - Т. 83, № 5. - С. 59-66. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/BioChem_2011_83_5_10.
Додаткова інформація про автора(ів) публікації:
(cписок формується автоматично, до списку можуть бути включені персоналії з подібними іменами або однофамільці)Ширина Тетяна Володимирівна (біологічні науки)
 Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"
|
