Отмечено, что мультифункциональность белков является одним из механизмов, объясняющих сложную организацию интерактома высших эукариот. При онкогенезе и других патологических процессах многие белки приобретают дополнительные функции без изменений в пространственной структуре. Тирозил-тРНК синтетаза, триптофанил-тРНК синтетаза и полипептид, активирующий моноциты и эндотелий II после высвобождения в межклеточное пространство, приобретают цитокиновую активность и выполняют важную роль в онкогенезе и ангиогенезе, помогая опухолевым клеткам избежать контроля со стороны иммунной системы.

Ключ. слова: Sporulation, Saccharomyces cerevisiae, microarray bioinformatics, clustering
Індекс рубрикатора НБУВ: Е521.551.1Sac*443.1

Рубрики:

Saccharomycetaceae Сахароміцетові та інші групи дріжджів

Шифр НБУВ: Ж22205 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Р569.696.2

Рубрики:

Пухлини передміхурової залози

Шифр НБУВ: Ж14160 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е623.36*725.111.46

Рубрики:

Mammalia Ссавці. Теріологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е623.36*725.112.22

Рубрики:

Mammalia Ссавці. Теріологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.11

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е60*725.111.46

Рубрики:

Загальна зоологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Досліджено цитокінову активність ізольованого рекомбінантного C-кінцевого домена тирозил-тРНК синтетази (тирРС) ссавців, гомологічного EMAP-2 цитокіну. Показано, що C-домен індукує подвійне збільшення хемотаксису моноцитів. Цей ефект близький до такого, спричиненого EMAP-2 та proEMAP-2. Протеолітично модифікована каталітична форма тирPC(2 times 39 кДа) не впливала на хемотаксис моноцитів. C-домен тирPC також індукує потрійне зростання активності тканинного фактора ендотеліальних клітин людини. Пропонується гіпотеза стосовно того, що ізольований C-домен може вивільнятися під час протеолітичного розщеплення тирPC певною протеазою, яка активується в стресових умовах, і функціонувати як медіатор шляхом передачі сигналу у разі взаємодії з рецептором EMAP-2 цитокіну.

Мета роботи - дослідити механізми взаємодії субстратів реакції аміноацилювання з активним центром тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis (MtTyrRS). Суперпозицією MtTyrRS з кристалографічними структурами бактерійних TyrRS побудовано комплекси з тирозином, тирозином і АТФ і тирозиладенілатом. Комплекси MtTyrRS з субстратами вивчено за допомогою методу моделювання молекулярної динаміки (МД) у розчині. Показано водневі зв'язки між субстратами і активним центром MtTyrRS та їх стабільність у процесі МД. Стабільність АТФ в активному центрі забезпечується водневими зв'язками, а також електростатичними взаємодіями з Lys231 та Lys234 каталітичного мотиву KFGKS. Висновки: ділянка зв'язування L-тирозину в активному центрі ферменту є негативно зарядженою, тоді як ділянка зв'язування АТФ має позитивно заряджені Lys231 і Lys234 каталітичної послідовності KFGKS. Процентне співвідношення тривалості існування водневих зв'язків, які формуються між субстратами та ферментом, до загального часу моделювання МД свідчить про конформаційну рухливість активного центра.

Індекс рубрикатора НБУВ: Р281.77/79

Рубрики:

Засоби, які впливають переважно на процеси тканинного обміну

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

AIMP1/p43 - структурний компонент мультисинтетазного комплексу (кодосома) евкаріот, проявляє тРНК зв'язуючу та цитокінову активність. Мета роботи - провести бактеріальну експресію та очистку ізотопно-міченого рекомбінантнога білка AIMP1/p43 в клітинах E. coli для вивчення його просторової структури за методами мультивимірної ЯМР спектроскопії. AIMP1/p43 був експресованний в клітинах E. coli BL21 (DE3) pLysE на мінімальному середовищі M9 з міченням ізотопом 15N та очищено за допомогою метал-хелатуючої хроматографії. Гетероядерні двомірні 1H-15N ЯМР експерименти проводилися в розчині за температури 293 К на ЯМР спектрометрі Agilent DDR2 800. Білок AIMP1/p43 було одержано в 15N-міченій формі як ЯМР зразок. Висока дисперсія сигналів у двомірниї ЯМР спектрах 1H-15N HSQC підтверджує наявність компактної тривимірної структури білка. ЯМР спектр AIMP1/p43 виявляє значне співвідношення сигнал-шум та достатню стабільність, щоб застосувати інші багатовимірні ЯМР експерименти, для визначення структури AIMP1/p43 білка у розчині. Висновки: 15N-мічений білок AIMP1/p43 зберігає стабільність протягом 4 - 7 днів, що надає змогу подальшого одержання важливих ЯМР експериментів для проведення детального структурного аналізу білка у розчині. Дані первинного аналізу спектрів ЯМР вказують на присутність деяких додаткових сигналів у порівнянні зі спектрами ЯМР EMAP II, які можуть бути віднесені до амінокислот N-кінцевого alpha-спірального фрагмента AIMP1/p43.

Індекс рубрикатора НБУВ: Р410.030

Рубрики:

Гіпертонічна хвороба

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Recombinant cytokine-like endothelial monocyte-activating polypeptide II (EMAPII) and antiandrogen flutamide target different mechanisms of growth of androgen-dependent prostate cancer (PC). The aim of this study was to clarify whether combined treatment with EMAP II and flutamide is more effective than monotherapy with regard to retardation of PC progression. Antitumor effects of EMAP II (10 mu g/kg b.w./d, s.c., 3d), or flutamide (10 mg/kg b.w./d, per os, 3d), or their combination were studied in CBA male mice bearing human androgen-dependent PC xenografts for 7 days. Androgen-dependent phenotype of the tumors was verified in preliminary castrated mice. The xenografts were weighed and underwent a histopathologic examination. The results were compared with those of non-treated mice. EMAP II and flutamide used separately inhibited growth of the xenografts by 74 % and 53 % respectively. Both drugs caused destructive changes in malignant epithelial cells along with leukocyte infiltration of the tumor. Combined treatment inhibited tumor growth by 85 %, and was more effective than monotherapy with regard to morphological changes. Conclusions: this study demonstrates cooperative inhibitory effect of EMAP II and flutamide on grow th and morphology of human PC xenografts that could represent a new modality of palliative treatment of this disease.

Мета роботи - проведення досліджень щодо оптимізації методів, що використовуються у процесі обробки профілів експресії генів, з метою підвищення якості кластеризації об'єктів. Передобробку даних було виконано у програмному середовищі R з використанням пакету "Біокондуктор". Моделювання процесу кластеризації було зроблено у програмному середовищі KNIME з використанням функцій програми WEKA. Показано, що оптимальним є процес передобробки даних з використанням методів: фонової корекції rma за методом, квантільної нормалізації, mas РМ корекції і сумарізації за mas методом. Результати моделювання показали високу ефективність використання для даного типу даних алгоритму кластеризації Sota. Висновки: проведені дослідження показали, що підвищення якості розподілу об'єктів біологічної природи на кластери можливо за рахунок гібридизації та оптимізації використання методів і алгоритмів на різних етапах обробки даних.

Індекс рубрикатора НБУВ: Р56-52

Рубрики:

Онкологія

Шифр НБУВ: Ж100178 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Мета дослідження - розробка індуктивної технології об'єктивної кластеризації профілів експресій генів на основі самоорганізуючого алгоритму кластеризації SOTA. Індуктивні методи аналізу складних систем було використано як базову основу під час створення індуктивної технології об'єктивної кластеризації профілів експресій генів. Оптимальні параметри роботи алгоритму кластеризації визначалися на основі комплексного використання внутрішніх і зовнішніх критеріїв якості кластеризації та комплексного критерію балансу. Наведено архітектуру індуктивної технології об'єктивної кластеризації на основі алгоритму кластеризації СОТА та покрокову процедуру її реалізації. У процесі моделювання було одержано графікі залежності внутрішніх, зовнішніх і комплексного критерію балансу від параметрів роботи алгоритму кластеризації, аналіз яких надає змогу визначити оптимальні параметри роботи алгоритму кластеризації. Висновки: одержані результати моделювання показали високу ефективність запропонованої технології. У випадку обробки профілів експресій генів дана технологія створює умови для реалізації покрокової кластер-бікластер технології групування даних на ранньому етапі реконструкції генної регуляторної мережі.