Вивчено проблему згортання протеїну в межах комбінації узагальненого ансамблю Монте-Карло та теорії базисної моделі силових центрів. Алгоритми узагальненого ансамблю можуть ефективно вибирати конфігураційний простір у комп'ютерних моделюваннях. Теорія базисних взаємодіючих силових центрів може враховувати ефекти розчинника залежно від форми молекул, визначаючи енергію сольватації протеїнів. Розроблено комп'ютерні алгоритми, що комбінують алгоритми узагальненого ансамблю й одновимірну базисну модель взаємодіючих силових центрів. Цей підхід можна також поєднати з тривимірною моделлю взаємодіючих силових центрів. Описано методи та представлено результати для пептиду.

Вільну енергію гідратації твердих сфер у широкому інтервалі розмірів розраховано за допомогою методів енергетичного представлення, інформаційно-теоретичного підходу, базисних взаємодіючих силових центрів і на базі теорії масштабної частинки. Перші з трьох пов'язані з методом функцій розподілу, а вільна енергія гідратації відображає структуру розчину через функції розподілу. Присутність об'ємно-залежного доданка виходить за межі теорій на базі функцій розподілу. Асимптотична поведінка в межі великої твердої сфери є ідентифікованою. Це вказує, що об'ємно-залежний доданок є ключовим для покращання теорій, базованих на функціях розподілу, в застосуваннях до великих молекул.

Потенціал середньої сили між одноіменно зарядженими колоїдними частинками, поміщеними у водний розчин електроліту, вивчено за допомогою методів теорії інтегральних рівнянь. Молекули розчинника змодельовано твердими сферами, а іони та колоїдні частинки розглянуто як заряджені тверді сфери. Кулонівські взаємодії між іонами та колоїдними частинками включають діелектричну сталу води. Цю просту модель використано для врахування ефектів дискретності розчинника, якими нехтують у примітивній моделі. Ван дер Ваальсовим притяганням, яке є суттєвою рисою теорії ДЛВО, в даній моделі нехтуються. Тим не менше, притягальні області виникають у потенціалі середньої сили за достатньо високих іонних концентрацій. Зокрема, взаємодія на малих відстанях є достатньо притягальною, щоб стабілізувати колоїдну систему. Ця поведінка виникає за рахунок ефектів трансляційного руху молекул розчинника.

Індекс рубрикатора НБУВ: Г562.181

Рубрики:

Будова розчинів електролітів

Шифр НБУВ: Ж41279 Пошук видання у каталогах НБУВ