Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*440.225 + Е0*444*721

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Щоб посилити ефективність впливу монофункціональних алкілуючих протипухлинних препаратів, важливим є зниження активності системи ексцизійної репарації основ (ЕРО), яка виправляє значну частину пошкоджень ДНК, що виникають за дії цих препаратів. Мета роботи - створення інгібіторів і ключових ферментів ЕРО (ПАРП1, ПАРП2, пол beta, АРЕ1) за рахунок направленої модифікації гліциретової кислоти (ГК). Аміди ГК одержано з ацетату ГК через утворення відповідного ацилхлориду, амідування відповідним аміном з наступним деацилюванням. Невелику бібліотеку 2-ціанозаміщених метилових ефірів ГК одержано структурною модифікацією остова ГК і карбоксильної групи. Інгібуючу активність сполук оцінено у відповідних специфічних тестах за присутності або відсутності сполук. Жодна з протестованих сполук не інгібує ПАРП1 значною мірою. Немодифікована ГК та її морфоліновий амід виявилися м'якими інгібіторами ПАРП2. Похідні ГК, які містять кето-групу в 11-му положенні тритерпенового остова, проявили помірні інгібуючі властивості стосовно пол beta. Сполука 3, яка вміщує 12-оксо-9(11)-єновий залишок у кільці C, - єдина серед усіх вивчених сполук інгібує АРЕ1. Знайдено клас сполук, селективно інгібуючих ДНК-полімеразу beta. Виявлено селективний інгібітор АРЕ1 і м'який інгібітор ПАРП2.

Зазначено, щоб підвищити ефективність протипухлинної терапії, заснованої на пошкодженнях ДНК, важливим є мінімізувати усунення цих пошкоджень, чого можна досягти, пригнічуючи активність ключових ферментів репарації ДНК. Для цього синтезовано та протестовано декілька похідних бензопентатієпіну і бензо[1,3]дитіолу як інгібітори ключових ферментів ексцизійної репарації основ (ЕРО), ПАРП1, ДНК полімерази beta і АРЕ1. Розроблено процедури синтезу низки нових сполук. Інгібіторні властивості сполук оцінено, порівнюючи ферментативну активність у специфічних тестах за присутності та відсутності потенційних інгібіторів. Похідне бензопентатієпіну, яке містить трифторметильну групу у першому положенні, виявилося м'яким інгібітором ПАРП1. Приєднання до першого положення через амідний зв'язок циклічних замісників призводить до деякого посилення інгібування ДНК-полімерази beta. Усі вивчені замісники у першому положенні значно збільшують інгібування розщеплення АР-сайтів, яке каталізується АРЕ1, порівняно з вихідними сполуками. Виявлено декілька інгібіторів ферментів ЕРО. Визначено також шляхи подальшої модифікації сполук для покращання їх інгібіторних характеристик.

Зазначено, що апуринові/апіримідинові сайти (АП-сайти), які є одними з найчисельніших пошкоджень ДНК у клітині, репаруються, в основному, шляхом ексцизійної репарації основ (ЕРО). Багатофункціональний білок YB-1 бере участь у клітинній відповіді на генотоксичний вплив і взаємодіє з деякими компонентами системи ЕРО - ДНК-глікозилазами NTH1, NEIL2, ДНК-полімеразою beta і ДНК-лігазою III. Безсумнівний інтерес становить вивчення дії YB-1 на один із ключових ферментів ЕРО, який відповідає за розщеплення АП-сайтів, - АП-ендонуклеазу 1 (АРЕ1), а також на тирозил-ДНК-фосфодіестеразу 1 (Tdp1), що причетна до АПЕ1-незалежного шляху репарації АП-сайтів. Мета роботи - вивчення впливу багатофункціонального білка YB-1 на розщеплення АП-сайтів, каталізоване АРЕ1 і Tdp1. Використано метод "затримки в гелі" та аналіз ферментативної активності. Показано, що YB-1 інгібує каталізоване АРЕ1 і Tdp1 розщеплення сАП-сайтів, розташованих в одноланцюговій ДНК. Виявлено, що YB-1 стимулює активність АРЕ1 у разі розщеплення протяжного дволанцюгового ДНК-субстрата і не впливає на Tdp1-опосередковане розщеплення дволанцюгових АП-вмісних ДНК. Зроблено висновки, що YB-1 здатний модулювати репарацію АП-сайтів у ДНК, з одного боку, стимулюючи АРЕ1 у разі відновлення цілісності ДНК за "класичним" шляхом ЕРО, та, з другого боку, інгібуючи активність АРЕ1 і Tdp1 на одноланцюгових ДНК і допомагаючи клітині уникнути можливого виникнення дволанцюгових розривів.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.1

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*440.173.5 + Е0*440.225

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Мета роботи - ідентифікація білка з екстракту клітин людини, який специфічно взаємодіє з апуриновим/апіримідиновим (АР) сайтом у складі часткового дуплексу ДНК, що містить виступаючі 5'- і 3'-кінці та імітує кластерне пошкодження ДНК. Методи дослідження: зшивання білка з АР-ДНК, опосередковане утворенням основи Шиффа, MALDI-TOF мас-спектрометрія, хроматографія і гель-електрофорез. Білок клітинних екстрактів людини, який формує мажорний ковалентний адукт з АР-ДНК, що містить виступаючі кінці, ідентифіковано як субодиниця Ku80 Ku-антигену за допомогою методу пептидного картування, заснованого на даних MALDI-TOF мас-спектрометрії. Показано, що Ku-антиген, виділений з клітин HeLa, формує ковалентні адукти, електрофоретична рухливість яких відповідає рухливості адуктів, утворених білками з клітинних екстрактів. Висновки: субодиниця Ku80 Ku-антигену може специфічно взаємодіяти з АР-ДНК, формуючи адукти, опосередковані утворенням основи Шиффа, електрофоретична рухливість яких залежить від структури кінців ДНК. Розбіжності в електрофоретичній рухливості можуть обумовлюватися зшиванням АР-ДНК з різними амінокислотними залишками білка, що в свою чергу може відображати різне розташування АР-ДНК у комплексі з Ku-антигеном.

Нуклеосомна корова частка, НКЧ, являє собою зручну модельну систему для вивчення ключових ДНК-залежних процесів, оскільки є елементарною одиницею структури хроматину. Саме тому основним завданням представленого дослідження було створення універсального методу збірки нуклеосом. Для реконструкції НКЧ використовуються очищені гістони і ДНК-структури з певними послідовностями, що забезпечують чітке позиціонування ДНК відносно октамера гістонів. Це вимагає наявності способу контролю ефективності реконструкції НКЧ. Мета роботи - оптимізувати процедуру реконструкції НКЧ з очищених октамер гістонів і різних типів синтезованих модельних ДНК і запропонувати підхід для експрес-аналізу ефективності цього процесу. Під час дослідження здійснено діаліз, поділ в ПААГ, вимір флуоресценції з використанням барвника Eva-Green. Розроблено зручну процедуру складання НКЧ в слабо сольовому буфері зі змінним співвідношенням ДНК-гістони на першому етапі. Після визначення оптимального співвідношення реконструкція НКЧ може бути проведена за допомогою повільного градиентного діалізу. На цьому етапі ефективність процесу може бути оцінена безпосередньо в розчині з використанням барвника Eva-Green. Висновки: показано, що ефективність интеркаляції барвника в дуплекс ДНК в контексті нуклеосоми різко знижується. До основних переваг запропонованого підходу можна віднести швидкий аналіз суміші безпосередньо в розчині і можливість використання ДНК, що не містять будь-яких спеціальних міток.