Пероральне використання протягом 15 днів біфідумбактерину після аплікації ітаконової кислоти для деконтамінації патогенних та умовно-патогенних бактерій, а також для корекції порушеного якісного і кількісного складу мікробіоти порожнини товстої і дистального відділу тонкої кишки призводить до елімінації із цих біотопів патогенних та умовно-патогенних ентеробактерій, пептокока, клостридій, стафілококів і дріжджоподібних грибів роду Candida. В цьому разі зростає популяційний рівень автохтонних облігатних анаеробних, факультативно анаеробних та аеробних бактерій роду Bifidobacterium, Bacteroides, Enterococcus, Peptostreptococcus та інших представників головної мікробіоти цього біотопу; зменшується кількість умовно-патогенних представників мікробіоценозу, що відносяться до додаткової і залишкової мікробіоти. Біфідумбактерин покращує колонізаційну резистентність слизової оболонки товстої і дистального відділу тонкої кишки експериментальних тварин, яким попередньо проведені 20-денні аплікації ітаконової кислоти, за рахунок заселення біотопу біфідобактеріями всіх тварин, а також зростанням популяційного рівня автохтонної облігатної ендогенної мікрофлори та суттєвим зниженням умовно-патогенних ентеробактерій, пептокока, стафілококів та інших, що призводить до покращання колонізаційної резистентності слизової оболонки товстої і тонкої кишки.