Наукова періодика України East European journal of physics


Zhytniakivska O. 
Novel Phosphonium Dye TDV1 as a Potential Fluorescent Probe to Monitor DNA Interactions with Lysozyme Amyloid Fibrils / O. Zhytniakivska, U. Tarabara, K. Vus, V. Trusova, G. Gorbenko, N. Gadjev, T. Deligeorgiev // East european journal of physics. - 2019. - No 2. - С. 19-26. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/eejph_2019_2_5
За допомогою методів оптичної спектроскопії і молекулярного докінгу проведено оцінку можливості використання нового катіонного фосфонієвого барвника TDV1 для дослідження комплексоутворення між ДНК і патогенними білковими агрегатами, амілоїдними фібрилами. Виявлено, що для мономерів TDV1 характерна висока інтенсивність флуоресценції у буферному розчині. У разі взаємодії барвника з подвійною спіраллю ДНК спостерігалось зростання інтенсивності флуоресценції мономерів та відбувався батохромний зсув максимуму флуоресценції. У разі додавання фібрилярного лізоциму (LzF) до суміші TDV1-ДНК, поряд з подальшим підвищенням інтенсивності флуоресценції мономерної форми барвника і гіпсохромним зсувом максимуму випромінювання, спостерігалась поява додаткового, довгохвильового піку. Зроблено припущення, що зростання інтенсивності флуоресценції зі збільшенням концентрації білка в системі TDV1/ДНК зумовлене як взаємодією вільних мономерів TDV1 з фібрилами лізоциму, так і конформаційними змінами ДНК, викликаними фібрилами лізоциму. Поява довгохвильового піку, ймовірно, є результатом J-агрегації TDV1 за присутності фібрилярного білка. З використанням методу молекулярного докінгу показано, що мономери TDV1 зв'язуються з сімома ланцюгами борозенки фібрил лізоциму таким чином, що їх поздовжня вісь паралельна осі фібрили. Показано, що найбільш енергетично вигідним центром зв'язування є борозенка, сформована амінокислотними залишками S60-W62/G54-L56. В той же час, димери барвника утворюють стабільні комплекси з більш гідрофільною стороною модельного <$Ebeta>-листа. Результати, одержані за допомогою методів флуоресцентної, абсорбційної спектроскопії і молекулярного докінгу свідчать про взаємодію TDV1 з малою борозенкою ДНК. Електростатичні взаємодії, вочевидь, є домінуючими під час комплексоутворення TDV1 з дволанцюговою ДНК, тоді як гідрофобні взаємодії та стеричні чинники є визначальними у разі асоціації барвника з фібрилярним лізоцимом.
  Повний текст PDF - 2.183 Mb    Зміст випуску     Цитування публікації

Цитованість авторів публікації:
  • Zhytniakivska O.
  • Tarabara U.
  • Vus K.
  • Trusova V.
  • Gorbenko G.
  • Gadjev N.
  • Deligeorgiev T.

  • Бібліографічний опис для цитування:

    Zhytniakivska O. Novel Phosphonium Dye TDV1 as a Potential Fluorescent Probe to Monitor DNA Interactions with Lysozyme Amyloid Fibrils / O. Zhytniakivska, U. Tarabara, K. Vus, V. Trusova, G. Gorbenko, N. Gadjev, T. Deligeorgiev // East european journal of physics. - 2019. - No 2. - С. 19-26. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/eejph_2019_2_5.

      Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"
     
    Відділ інформаційно-комунікаційних технологій
    Пам`ятка користувача

    Всі права захищені © Національна бібліотека України імені В. І. Вернадського