Актинобактерії роду Streptomyces привертають великий інтерес дослідників, оскільки їх геноми кодують криптичні кластери генів біосинтезу нових антибіотиків. Також гетерологічна експресія метагеномних бібліотек у модельних штамів Streptomyces надає змогу виявляти нові класи сполук. Важливо розуміти правила, які визначають вживання кодонів у генах стрептоміцетів, щоби підвищити шанси і рівень експресії чужорідних генів у Streptomyces. Розглянуто 2 питання, пов'язані із вживанням кодонів у геномах стрептоміцетів. Дослідженл закономірності вживання ди-кодонів у Streptomyces, а також проведено пошук суттєвих відмінностей в характері заміщень кодонів у різних сімействах ортологічних генів на різних філогенетичних відстанях і різного ступеня важливості. Виявлено кілька правил контекстного вживання кодонів, які в основному пов'язані з аномальною частотою G/C після C-кінцевого нуклеотиду попереднього кодона. Розроблено новий інструмент біоінформатики на основі описаного раніше методу "бульбашкових" графіків, що надає змогу візуалізувати закономірності кодонних заміщень у наборі даних у вигляді матриці. Використовуючи цей інструмент виявлено, що гени транскрипційних факторів родини AdpA у випадку порядку Streptomycetales несуть частку несинонімічних замін значно більшу, ніж це спостерігається для груп adpA з інших порядків актинобактерій. Характер заміщень кодонів для різних порядків актинобактерій (у порівнянні зі Streptomycetales) не описується простими залежностями.

  Повний текст PDF - 1.08 Mb    Зміст випуску     Цитування публікації

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"