На основании анализа докладов ведущих гастроэнтерологов мира, представленных во время курса последипломного образования Европейской ассоциации гастроэнтерологов, эндоскопистов и нутрициологов (EAGEN), изложены проблемные вопросы относительно роли кишечной микробиоты и рационального питания в обеспечении жизнедеятельности и формировании здоровья человека. Наряду с фундаментальными аспектами анализа влияния микрофлоры кишечника на обеспечение резистентности кишечного барьера раскрыта роль отдельных представителей микробиоты (бактероидов, энтерококка, лактобацилл, грибов и др.) в патогенезе заболеваний. Представлены результаты клинических и мультицентровых исследований, посвященных коррекции нарушенного кишечного микробиоценоза при воспалительных заболеваниях кишечника, неалкогольном стеатогепатите и других заболеваниях органов пищеварения. Определены роль и место пре- и пробиотиков, Bacillus clausii, антибиотиков, функционального питания как перспективных модуляторов микробиома кишечника.