Навесні 2016 р. в трьох регіонах Центральної України - Черкасах, Києві та Яготині авторами виявлено фруктові дерева сливи та груші з симптомами ураження, характерними для карантинного патогена - вірусу шарки сливи (Plum pox virus, PPV), а також дерева вишні з симптомами ураження вірусом мозаїки яблуні (Apple mosaic virus, ApMV), патогенним для більше, ніж 65 видів рослин родини Розоцвітих. Мета роботи - провести діагностику, ідентифікацію та молекулярний аналіз вірусів, що викликають виявлені симптоми ураження фруктових дерев в центральній частині України. Тотальну РНК, екстраговану з листків інфікованих і здорових рослин, використовували для одержання кДНК за допомогою відомих ПЛР праймерів, а також власних праймерів, розроблених за програмою "Primer3". Ампліфіковані фрагменти ДНК гена Cp українських ізолятів вірусу секвенували за методом Sanger і порівнювали з аналогічними сиквенсами з генетичної бази GeneBank. Для порівняльного та молекулярного аналізу ізолятів вірусів використовували комп'ютерні програми BLAST, MultAline та MEGA 6, а також низку власних коротких програм (утиліт), вузько спеціалізованих для конкретних задач аналізу сиквенсів. Праймери, розроблені для типування PPV, виявились ефективними для виявлення та молекулярної діагностики цього вірус)і в трьох регіонах Центральної України. За допомогою цих праймерів 3 ізоляти PPV-D (seql, seq2, seq3) було виділено з груш у Черкасах (seq1), а також із слив в Яготині (seq2) та Києві (seq3). За порівнянням сиквенсів 181-нуклеотидних фрагментів гена Cp ізоляти seq2 і seq3 виявились ідентичними між собою і близько спорідненими й з ізолятом seq1. Виділені українські ізоляти мають високу ідентичність (95 - 99,4 %) з усіма 33-ма ізолятами PPV-D з різних країн світу і різних рослин-хазяїв, протестованими авторами. 181-нуклеотидні сиквенси 33-х ізолятів містять 30 замін нуклеотидів відносно сиквенсу seq1. Переважна більшість замін (27 з 30) є синонімічними і не викликають заміщень амінокислот у вірусних білках. Ізоляти PPV-D утворюють 6 груп представників з однаковими замінами нуклеотидів, що нагадує гомологічні серії спадкової мінливості морфологічних ознак, відкриті Н. І. Вавиловим. Висновки: розроблені праймери виявились ефективними для детекції ізолятів PPV-D з рослин груш і слив у трьох регіонах Центральної України. Наявність PPV в Черкаській області вперше виявлено. Одержані дані є важливими для розуміння епідеміологічної ролі цього вірусу. Виявлені групи ізолятів PPV з однаковими замінами нуклеотидів нагадують серії однакових морфологічних ознак, відкриті Н. І. Вавиловим і являють інтерес для з'ясування молекулярних основ детермінації гомологічних серій спадкової мінливості та паралельних мутацій.

  Повний текст PDF - 962.977 Kb    Зміст випуску     Цитування публікації

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"