Наукова періодика України | Мікробіологія і біотехнологія | ||
Васильєва Н. Ю. Мікробна різноманітність прибережних вод Одеської затоки Чорного моря / Н. Ю. Васильєва, К. Д. Крилова, Й. Б. Кристофферсен, О. А. Дубровіна, В. О. Іваниця // Мікробіологія і біотехнологія. - 2018. - № 4. - С. 63-75. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/MiB_2018_4_8 Мета дослідження - визначення біорізноманітності прокаріотної мікробіоти прибережної води Одеської затоки Чорного моря шляхом метагеномного аналізу. Проби морської води відбирали в районі гідробіологічної станції ОНУ ім. І. І. Мечникова (<$E46 symbol Р 26 prime 28,2 symbol Т N~30 symbol Р 46 prime 20,0 symbol Т E>) з горизонту 100 см, фільтрували через 0,22 mu m мембранні фільтри (Sartorius). Сумарну ДНК виділяли з зібраних мікроорганізмів за допомогою PowerWater DNA isolation kit (catalog no.14900-50-NF) згідно з інструкцією виробника (MO BioLaboratories). Для визначення мікробної різноманітності за методами метагеномного аналізу використовували таргетне секвенування ділянки v4 гена 16S рРНК на платформі Illumina MiSeq. Одержані послідовності у форматі fastq аналізували в оболонці miniconda3 з послідовним використанням програм Fastqcv.0.11.2., Trimmomatic, Cutadapter, SPAdes, Centrifuge і Krona. В результаті метагеномного 16S рРНК аналізу в прибережних водах Одеської затоки було одержано 261 197 анотованих послідовностей. Виявлено представників основних відділів домену Bacteria: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Deferribacteres, Planctomycetes, Tenericutes, Aquificae, Deinococci, Thermotogae, Ignavibacteriales, Fibrobacteri. Найбільш поширеними відділами домену Bacteria є Proteobacteria (68,0 %) і Bacteroidetes (19,0 %). Серед відділу Proteobacteria переважають класи Gammaрroteobacteria (63,0 %) і Alphaproteobacteria (31,0 %). Показано присутність незначної кількості представників домену Archaea (менше 0,5 %) класів Euryarchaeota, Thaumarchaeota, Crenarchaeota. Висновки: порівняльний аналіз результатів, наведених і одержаних у попередніх дослідженнях біологічної різноманітності морської мікробіоти води Причорноморських лиманів і прибережних вод острова Зміїний надали змогу визначити основні відмінності у їх складі. Показано, що здебільшого мікробіота морської води Одеської затоки як і Хаджибейського лиману та прибережної води острова Зміїний різноманітна і представлена в основному членами відділів Proteobacteria і Bacteroidetes, в той час як у Сухому і Дністровському лиманах переважають представники відділу Cyanobacteria. Цитованість авторів публікації: Бібліографічний опис для цитування: Васильєва Н. Ю. Мікробна різноманітність прибережних вод Одеської затоки Чорного моря / Н. Ю. Васильєва, К. Д. Крилова, Й. Б. Кристофферсен, О. А. Дубровіна, В. О. Іваниця // Мікробіологія і біотехнологія. - 2018. - № 4. - С. 63-75. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/MiB_2018_4_8.Додаткова інформація про автора(ів) публікації: (cписок формується автоматично, до списку можуть бути включені персоналії з подібними іменами або однофамільці) Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"
|
|
Всі права захищені © Національна бібліотека України імені В. І. Вернадського |