| Наукова періодика України |
| Biopolymers and cell |
Mykuliak V. V. The mechanisms of substrates interaction with the active site of Mycobacterium tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase studied by molecular dynamics simulations / V. V. Mykuliak, A. I. Kornelyuk // Biopolymers and cell. - 2014. - Vol. 30, № 2. - С. 157-162. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/BPK_2014_30_2_12 Мета роботи - дослідити механізми взаємодії субстратів реакції аміноацилювання з активним центром тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis (MtTyrRS). Суперпозицією MtTyrRS з кристалографічними структурами бактерійних TyrRS побудовано комплекси з тирозином, тирозином і АТФ і тирозиладенілатом. Комплекси MtTyrRS з субстратами вивчено за допомогою методу моделювання молекулярної динаміки (МД) у розчині. Показано водневі зв'язки між субстратами і активним центром MtTyrRS та їх стабільність у процесі МД. Стабільність АТФ в активному центрі забезпечується водневими зв'язками, а також електростатичними взаємодіями з Lys231 та Lys234 каталітичного мотиву KFGKS. Висновки: ділянка зв'язування L-тирозину в активному центрі ферменту є негативно зарядженою, тоді як ділянка зв'язування АТФ має позитивно заряджені Lys231 і Lys234 каталітичної послідовності KFGKS. Процентне співвідношення тривалості існування водневих зв'язків, які формуються між субстратами та ферментом, до загального часу моделювання МД свідчить про конформаційну рухливість активного центра. Цитованість авторів публікації: Бібліографічний опис для цитування: Mykuliak V. V. The mechanisms of substrates interaction with the active site of Mycobacterium tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase studied by molecular dynamics simulations / V. V. Mykuliak, A. I. Kornelyuk // Biopolymers and cell. - 2014. - Vol. 30, № 2. - С. 157-162. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/BPK_2014_30_2_12.Додаткова інформація про автора(ів) публікації: (cписок формується автоматично, до списку можуть бути включені персоналії з подібними іменами або однофамільці)  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця" |
|
|
Всі права захищені © Національна бібліотека України імені В. І. Вернадського |
|||||
