Геном вірусу імунодефіциту людини (ВІЛ-1) надзвичайно гетерогенний. Мета дослідження - провести філогенетичний аналіз структурних елементів області полі(А) ВІЛ-1, зокрема, шпильок поліА і DSE, які складають основний сайт полі(А). Передбачення вторинної структури основного полі(А)-сайта здійснено за допомогою програми UNAFold. Структуру шпильок поліА і DSE проаналізовано для 1679 геномів ВІЛ-1 групи M та 18 геномів вірусу імунодефіциту мавп SIVcpzPtt: у геномах ВІЛ-1 виявлено 244 і 171 різну послідовність шпильок поліА і DSE відповідно. Однак 70 % вивчених геномів містили один із семи варіантів шпильки поліА, які зустрічалися з частотою <$Esymbol У ~5~%> (основні варіанти), і 79 % ізолятів містять один із семи основних варіантів шпильки DSE. Виявлено також специфічні для певного субтипу або країни мутації зазначених шпильок. Встановлено, що шпилька поліА з геному SIVcpzPtt дуже схожа на таку з геному ВІЛ-1 субтипів B і C. Результати проведених широкомасштабних досліджень підтримують деякі структурні моделі 5' нетрансльованої ділянки геному ВІЛ-1, зокрема, третинну взаємодію між шпилькою поліА і областю гена матриксного білка. Шпилька DSE, можливо, утворилася у процесі еволюції ВІЛ-1 групи M. Експонування U/GU-збагаченого елемента в апікальній петлі цієї шпильки могло значно підвищити ефективність поліаденілювання про-мРНК у ВІЛ-1 цієї групи.Мета роботи - проведення філогенетичного аналізу структурних елементів області полі(А) у про-мРНК ВІЛ-1, зокрема, основного "верхнього" елемента (USE), який стимулює поліаденілювання транскрипту BІЛ-1, і шпильки TAR, що просторово зближує сигнали AAUAAA і USE. Передбачення вторинної структури цих елементів здійснювали за допомогою програми UNAfold. Структуру домену USE і шпильки TAR проаналізовано для 1679 геномів ВІЛ-1 групи М та 17 геномів вірусу мавп SIVcpzPtt. У геномі ВІЛ-1 виявлено 376 і 588 різних послідовностей для домену USE і шпильки TAR відповідно, а також найчастіші мутації і мутації, специфічні для певного субтипу або країни. Лише 43 % усіх досліджених геномів ВІЛ-1 містять варіанти домену USE, які зустрічаються з частотою <$E symbol У~5> % (основні варіанти), і 35 % геномів включають основні варіанти TAR. Встановлено також, що домен USE і шпилька TAR з геному SIVcpzPtt дуже схожі на відповідні елементи з геному ВІЛ-1 A/G-вмісних субтипів. Висновки: результати широкомасштабних досліджень підтримують гіпотезу щодо взаємодії між <$E roman tRNA sub 3 sup Lys> та 3'-кінцем геномної РНК ВІЛ-1, а також спірну гіпотезу димеризації шпильки TAR через взаємодію паліндромів. Оскільки шпилька TAR є об'єктом антивірусної терапії, спрямованої на пригнічення сигнальних елементів, дані стосовно специфічних особливостей цієї шпильки можуть бути корисними для створення нових лікарських препаратів.

  Повний текст PDF - 105.033 Kb    Зміст випуску     Цитування публікації

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"