Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами

Чередник, Ю. О.; Анопрієнко, О. В.; Горовенко, Н. Г.; Фещенко, Ю. І.

Проведено диференційне виявлення у клінічному матеріалі штамів М. tuberculosis (МБТ), що належать до 1-ї або 2/3 принципових генотипових груп (ПГГ) МБТ, з метою прискорення діагностики туберкульозу і раннього визначення клінічно і епідеміологічно значущих штамів. Для дослідження клінічних зразків мокротиння хворих на туберкульоз легень застосовано SNP (single-nucleotide polymorphism)-аналіз на основі полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) зі шпилькоподібними праймерами до групоспецифічного SNP <$EkatG sup 463> та статистичний аналіз клініко-епідеміологічних показників. МБТ виявлено в 47,8 % клінічних зразків, з яких 57,6 % становлять штами ПГГ-1 і 42,4 % - ПГГ-2/3. Встановлено асоціацію між приналежністю до ПГГ-1 і резистентністю до ізоніазиду (OR [95 % CI], 5,417 [1,196 - 24,522], P = 0,0283) та до будь-якого з препаратів першого ряду (рифампіцин/ізоніазид) (OR [95 % CI], 7,00 [1,493 - 32,82], P = 0,014). Висновки: SNP-аналіз зі шпилькоподібними SNP-специфічними праймерами до локусу <$EkatG sup 463> групової приналежності штамів МБТ дозволяє ефективно виявляти у клінічному матеріалі епідеміологічно значущі штами МБТ ПГГ-1.


	Наукова періодика України		Biopolymers and cell