Розроблено методику, яка дозволяє одержувати спектри конформаційних релаксацій сольватованого білка за методом нерівноважної молекулярної динаміки. Структурну релаксацію білка ініційовано різкою зміною тиску у процесі розрахунку в NPT-ансамблі. Проведено спектральну декомпозицію кривої зміни об'єму білка після стрибка тиску за методом максимальної ентропії. Одержано спектр релаксацій, який містить один компонент, що належить до чистої води, а також п'ять компонентів, віднесених до білка та його гідратної оболонки. Конформації всіх компонентів відповідають структурам, одержаним з застосуванням методів оптичної і акустичної спектроскопії. Розроблена методика надає змогу розраховувати спектри структурної релаксації сольватованих білків у діапазоні часу від ~0,1 пс до ~50 нс з однієї траєкторії, одержаної за методом нерівноважної молекулярної динаміки.

  Повний текст PDF - 155.435 Kb    Зміст випуску     Цитування публікації

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"