Зазначено, що останнім часом стає все очевиднішим, що просторова організація еукаріотичного геному відіграє важливу роль у регуляції експресії генів. Тривимірну (3D) організацію геному можна досліджувати за діпомогою різних видів мікроскопії, зокрема, сумісних із технікою флуоресцентної in situ гібридизації (FISH). Однак коли йдеться про аналіз просторових взаємодій між специфічними ділянками геному, набагато ефективнішими виявляються методи фіксації конформації хромосоми (ЗC). Вони засновані на переважаючому лігуванні фрагментів ДНК, зшитих через білкові містки у живих клітинах за посередництвом формальдегідної фіксації. Передбачається, що такі містки зв'язують фрагменти ДНК, розміщені у безпосередній близькості у ядрі. Описано існуючі на сьогодні методи фіксації конформації хромосоми - від 3C ChlP-loop до Hi-C і ChiA-PET, об'єднані під загальною назвою "C"-методи.