Предсказана вторичная структура пре-мРНК P элемента, которая, возможно, регулирует его активность и температурную чувствительность. Структура представляет собой шпильку, более стабильную в P элементах M типа в сравнении с каноническими. Регион, образующий шпильку, находится в области 5' сайта сплайсинга третьего интрона (IVS-3), включая оба описанных псевдосайта сплайсинга - F1 и F2, в то время как истинный сайт и F1 расположены главным образом в двухцепочечной области шпильки, F2 экспонирован в петле. Выравнивание последовательностей P элементов продемонстрировало высокую степень сходства для указанного региона, что свидетельствует в пользу существования предсказанной структуры. Формирование шпильки может препятствовать связыванию U1 snRNA с истинным сайтом сплайсинга, и, напротив, индуцированная температурой дестабилизация шпильки может приводить к корректному сплайсингу IVS-3. Таким образом, предложена гипотеза о влиянии вторичной структуры пре-мРНК мобильного элемента на его активность.