Запропоновано сучасний вітчизняний гідрогеоакустичний комплекс, що є інструментом вивчення взаємозв'язку водної товщі та донних відкладів як елементів складної геогідродинамічної системи. Наголошено на актуальності донного профілювання і розглянуто питання спільного представлення результатів зйомки рельєфу дна та його грунтових карт у вигляді тривимірних зображень (3D). Вирішено питання одержання невідомої інформації про стан донних відкладів, осторонь від носія гідроакустичного профілографу, за допомогою методу просторової інтерполяції. Наведено результати комплексного дослідження структури верхніх шарів донних грунтів і рельєфу донної поверхні за допомогою розробленого комплексу в межах проекту "Створення системи спостережень за впливом господарської діяльності на природні комплекси та оперативного контролю негативних змін у їх складі". Зазначений напрям робіт поєднував геофізичні та геохімічні методи досліджень акваторії р. Дніпро, контактну та дистанційну зйомку верхнього шару донних відкладень. Контактна зйомка забезпечувала як аналіз розподілу та депонування важких металів у донних відкладах, так контроль і підтвердження результатів дистанційної зйомки. Попередній аналіз результатів свідчить про наявність закономірностей розповсюдження певних літологічних типів донних відкладень - замулені ділянки відповінадають районам мінімальної гідродинамічної активності, а також активної господарської діяльності. Проблематика гідрофізичного моніторингу, необхідність проведення тривалих спостережень і складність гідроакустичних досліджень на шельфі залежить не тільки від збору та зберігання інформації, але й передбачає комплексне опрацювання даних з метою вилучення закономірностей і знань, створюючи умови для спільної роботи фахівців різного профілю. Розроблений гідрогеоакустичний комплекс здатен вирішувати ці задачі.