Індекс рубрикатора НБУВ: Е40*725.112.1

Рубрики:

Загальна мікробіологія

Шифр НБУВ: Ж60216 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е521.20в733.7

Шифр НБУВ: Ж60216 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Розроблено набір праймерів, який дає змогу за допомогою полімеразної ланцюгової реакції здійснювати ампліфікацію провірусної ДНК ретровірусу нез'ясованої патології - вірусу імунодефіциту великої рогатої худоби (ВІ ВРХ). Як мішень для праймерів вибрано короткий фрагмент гена pol ВІ ВРХ, для якого були відомі послідовності провірусної ДНК, виділений з культури клітин з ВІ ВРХ, а також із лімфоцитів експериментально інфікованих тварин. Обговорено проблему детекції ВІ ВРХ із клінічного матеріалу від експериментально чи природно інфікованих тварин. Амплікон очікуваного розміру детектовано для ДНК, екстрагованої з лімфоцитів периферійної крові серопозитивних овець і корів, що були експериментально інфіковані ВІ ВРХ.

Удосконалено основні критерії оцінки тест-систем для полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) і принципи конструювання праймерів. Показано, що ключовим параметром, який визначає специфічність і точність ПЛР-аналізу, є ступінь гомології праймерів. Сконструйовано набори праймерів для ранньої детекції вірусу лейкозу великої рогатої худоби на основі множинного вирівнювання послідовностей env гена відомих ізоляторів із баз даних EMBL/GenBank і термодинамічного аналізу праймерів та ампліконів. За допомогою теоретичного та експериментального порівняння створених та існуючих наборів праймерів показано, що сконструйовані праймери мають більш високі специфічність і точність на відміну від існуючих аналогів. Створено універсальну ПЛР-тест-систему для визначення статі ембріонів великої рогатої худоби, овець, кіз і свиней.

Індекс рубрикатора НБУВ: П872.132.1-911 + П873.12-911 + П873.216-911

Рубрики:

Лейкози тварин

Вірусні хвороби тварин

Туберкульоз тварин

Шифр НБУВ: РА378575 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е40*440.224 + Р264.935.4-6

Рубрики:

Загальна мікробіологія

Паличка туберкульозу

Шифр НБУВ: Ж60216 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е30*440.16 + Е326.222.23*44

Рубрики:

Загальна вірусологія

Retroviridae. Ретровіруси

Шифр НБУВ: Ж60216 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Мета роботи - створення карт локалізації досконалих і недосконалих потенційних шпилькових структур у геномі коронавірусів людини і тварин. Застосовано біоінформатичний аналіз нуклеотидних послідовностей коронавірусів, атомно-силову мікроскопію. Визначено термодинамічно стабільні досконалі та недосконалі інвертовані повтори, які утворюють шпилькові структури, що можуть виникати у геномній РНК коронавірусів людини і тварин - вірусів тяжкого гострого респіраторного синдрому, гепатиту миші, епідемічної діареї свині, трансмісивного гастроентериту та бичачого коронавірусу. Створено карти локалізації шпильок (які є одним із ланцюгів сигнальних механізмів функціонування геному) на геномі коронавірусів. Висновки: основними сайтами локалізації потенційно можливих консервативних структурних мотивів є гени реплікази та глікопротеїнів шипів коронавірусів. Шпилькові структури є консервативними елементами всередині набору ізолятів одного виду коронавірусів.

На цей час відомо низку температурно-чутливих елементів - РНК-термометрів, що відрізняються структурно та функціонально, і які контролюють розмаїття біологічних процесів бактерій, включаючи вірулентність. Відомі PHК-термометри є структурами, що являють собою або одну протяжну шпилькову структуру, або декілька шпильок, які можуть бути як досконалими, так і недосконалими. На основі комп'ютерного та термодинамічного аналізів повністю секвенованих геномів 25 ізолятів Salmonella enteriса встановлено алгоритм та критерії пошуку потенційних РНК-термометрів, що дозволить в подальшому провести пошук потенційних РНК-термометрів в геномі інших соціально значимих патогенів. Для S. enterica на додаток до відомого 4U-PHК-термометра визначено чотири шпилькові структури, які можуть бути новими РНК-термометрами. Вони відповідають необхідним та достатнім умовам утворення РНК-термометрів та є висококонсервативними неканонічними структурами, оскільки присутні в геномі всіх досліджених ізолятів S. enterica. Проаналізовано температурно-чутливий мотив в плазміді рХО1 збудника сибірки Bacillus anthracis, а досконалі шпильки, що утворюють хрестоподібну структуру в суперспіральній плазміді pUC8, візуалізовано за допомогою атомно-силової мікроскопії.

Здійснено теоретичне й експериментальне порівняння чотирьох наборів праймерів для детекції провірусної ДНК вірусу лейкозу великої рогатої худоби (ВЛ ВРХ) за допомогою методу полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР). Продемонстровано, що використання праймерів із 100 %-м ступенем гомології для всіх відомих ізолятів ВЛ ВРХ дозволило виявити більшу кількість вірусоносіїв, ніж праймерів з меншим рівнем гомології, які мають по 2 - 4 помилкових (неспарених) нуклеотиди. Сформульовано основні положення програми з безвакцинного викорінення ВЛ ВРХ в Україні. Показано, що праймери з комерційного набору для ПЛР-детекції вірусу імунодефіциту людини 1-го типу мають 5 - 7 помилкових нуклеотидів, що може істотно знижувати якість ПЛР-діагностикуму.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.1

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.1

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Р264.932 + Е422.251*441.147

Рубрики:

Bacillus

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е422.251*992.4*44 + Р264.932

Рубрики:

Bacillus

Шифр НБУВ: Ж100178 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Р264.92с21

Шифр НБУВ: Ж21341/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

Розроблено систему праймерів для мультиплексної полімеразної ланцюгової реакції з метою одночасного визначення статі передімплантаційних ембріонів і детекції вірусу лейкозу великої рогатої худоби у їх геномі, середовищі для культивування. Набори праймерів, апробовані на лімфоцитах крові ВРХ, дозволяють правильно визначити стать усіх досліджених тварин.

Приділено увагу опису молекулярно-генетичних методів діагностики у системі лабораторної діагностики інфекційних та інвазійних хвороб тварин, методології розробки методик на основі полімеразної ланцюгової реакції - основного методу генодіагностики інфекційних, інвазійних і спадкових захворювань, напрацювання матеріалу для проведення поглиблених досліджень з гено-, патотипування та поглибленої диференціації мікро- та макроорганізмів. Наведено основні відомості щодо будови нуклеїнових кислот, генів і геномів. Висвітлено біофізичні механізми полімеразної ланцюгової реакції, теоретичні та практичні аспекти розробки і використання методик індикації та ідентифікації патогенних бактерій і вірусів, створення та контролю рекомбінантних конструкцій та аналізу мінливих фрагментів геномів про- та еукаріот. Охарактеризовано методології гено- та патотипування патогенів тварин за секвенуванням і філогенетичним аналізом послідовностей їх генетичного матеріалу.