Проведено комп'ютерний аналіз контекстів (нуклеотидного оточення) канонічного стартового кодона трансляції AUG у 15 тобамовірусів (45 генів) і 22 потексвірусів (110 генів). Встановлено, що контексти AUG вірусів рослин мають як високу схожість із відповідними контекстами еукаріотів, так і деякі особливості. Схожість проявляється в локалізації збіжних нуклеотидів поблизу стартового кодона (в позиціях -3... +18), наявності пурина в позиції -3 (-3R) і гуаніна в позиції +4 (+4G) відносно кодона AUG, а також у подібності трансляційних контекстів вірусів відповідним контекстам хребетних тварин (16,9 - 52,4 %) та однодольних (21,9 - 41,2 %) і дводольних рослин (39,3 - 74,3 %). Характерною особливістю вірусних трансляційних контекстів є висока частота компонентів +5С, -5Y і +10R, а також широке варіювання частоти контекстних елементів у різних вірусів і/або генів. Обговорено запропонований показник подібності трансляційних контекстів відомим консенсусним послідовностям.

Проведено комп'ютерний пошук в генетичних банках даних супресивних термінальних кодонів трансляції (СТКТ) генів вірусів рослин та порівняльний аналіз контекстів супресії цих кодонів. Встановлено, що в геномах вірусів рослин найчастіше супресуються стоп-кодони UAG (167 із 211, 79,1 %), рідше - UGA (37/211, 17,5 %) і зовсім рідко - UAA (7/211, 3,3 %). Більшість слабких (супресивних) термінальних кодонів у відносній позиції +4 містять гексануклеотидні сайти caauua, cgguuu, gggugc, ggaggc або guagac, які вважаються важливими (консенсусними) елементами контекстів СТКТ РНК-вмісних вірусів рослин, тварин і мікроорганізмів. Поряд із цим у генах багатьох вірусів спостерігається широка мінливість послідовностей консенсусних гексануклеотидних сайтів, а також додаткові позиції їх локалізації в різних рамках зчитування і на різних відстанях від термінальних кодонів. Характерною рисою супресивних термінальних кодонів трансляції є наявність кластерів збіжних нуклеотидних сайтів у різних родів вірусів на ділянках довжиною до кількох сотень нуклеотидів від цих кодонів. Результати проведених досліджень підтримують припущення про те, що ефективність трансляції, а також прочитування стоп-кодонів можуть бути детерміновані на рівні геномів чи генів, а не лише короткими контекстами, що оточують термінальні кодони.

Проведено комп'ютерний пошук подібних нуклеотидних сайтів у геномах фітопатогенних вірусів шляхом послідовного зіставлення двох геномних сиквенсів зі зростаючою величиною зсуву їх початкових позицій. Установлено граничні параметри невипадкової збіжності нуклеотидів у сиквенсах, показано наявність подібних нуклеотидних сайтів у філогенетично далеких родів вірусів, уточнено систематичне положення вірусу некрозу лізіантусу, виявлено особливості локалізації подібних нуклеотидних сайтів у вірусних геномах.

Проведено комп'ютерний аналіз вибірковості кодонів і спонтанних замін нуклеотидів у шести штамів вірусу карликовості сої. Встановлено, що частота використання синонімічних кодонів у вірусних генах широко варіює залежно від гена, перекривання генів, кодона, послідовності перших двох кодонних нуклеотидів, однонуклеотидних контекстів, локалізованих перед кодоном і за ним, а також від вмісту GC (G+C) у генах і в третій позиції кодонів. Під впливом перекривання генів загальна кількість нуклеотидних замін зменшується в 2,5 разів, кількість еквівалентних замін у третій позиції кодонів - у 2,8 - 4,3 рази, вміст дикодонів у генах - у 1,4 - 1,6 разів. Поряд із цим спостерігається збільшення кількості нееквівалентних замін нуклеотидів у другій кодонній позиції, а також висока вибірковість кодонів (Fop = 0,94 - 1,0) і кореляція між вмістом нуклеотидів у генах і третіх позиціях кодонів (r = 0,73 - 0,74). Одержані результати свідчать про наявність селекції дикодонів у вірусних генах.