Встановлено кількісні характеристики та проаналізовано особливості просторового та часового розподілу вмісту рослинних пігментів (РП) і активності ферментів у донних відкладах (ДВ) різнотипних водних об'єктів басейнів Дніпра та Сіверського Дінця. Показано залежність величин даних показників від географічного положення водного об'єкта, трофічного статусу, гідрологічного режиму, сезону року, типу ДВ, рівня антропогенного навантаження. Встановлено, що вміст РП у ДВ лептичних екосистем у середньому вищий, ніж лотичних. Проаналізовано вплив стічних вод населених пунктів на вміст РП і ферментивну активність у ДВ Сіверського Дінця. Доведено високу чутливість показників пігментного фонду й активності ферментів у ДВ, наведено рекомендації щодо їх використання для біоіндікації екологічного стану водних екосистем.