На підставі детального аналізу стану вітчизняного науково-технологічного потенціалу у взаємозв'язку з розвитком виробничого комплексу та загальносвітових процесів доведено, що науково-технічна політика та діяльність організацій наукової сфери органічно пов'язані зі структурно-відтворювальними економічними перетвореннями. Обгрунтовано механізм та оргструктуру регіонального управління науково-технічним розвитком на базі поєднання економічних важелів управління з організаційно-координаційними можливостями регіональних наукових центрів. Запропоновано інтегровану організаційно-економічну модель регіональної інноваційної системи "Харківський інноваційний порт", яка дозволяє підвищити ефективність науково-технічної сфери регіону в інноваційних процесах, забезпечити розвиток пріоритетних секторів науково-промислового комплексу, інноваційної інфраструктури, розширення обсягів реалізації інтелектуальної продукції та R&D послуг. Розроблено економічні механізми поліпшення ефективності науково-технічної діяльності за рахунок оптимізації ризиків реалізації інноваційних проектів і посилення використання стимулюючих принципів у сфері виробництва науково-технічної продукції.