Рассмотрены методологические основы экономико-экологического прогнозирования (ЭЭП), в частности, исходные условия и предпосылки формирования системы ЭЭП. Освещены особенности разработки методологического базиса ЭЭП, определены его объекты. Раскрыты методологические аспекты учета фактора времени и неопределенности в ЭЭП. Предложены индуктивные методы анализа и прогнозирования сложных экономических и экономико-экологических систем, методы статистического моделирования объекта прогнозирования, аппроксимации сложных функций в прогнозных задачах на основе полиномиальных и гармонических рядов, квалиметрические методы в задачах экономико-экологического оценивания и прогнозирования. Проанализированы экономико-экологические показатели прогнозирования морехозяйственной деятельности.